COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 6.460806
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 6.218438
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 5.970349
2020-10-09 17:00:00 6.901159 6.901159 5.698811
2020-10-08 17:00:00 6.462274 6.462274 5.442800
2020-10-07 17:00:00 4.575367 4.575367 5.160466
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 4.887774

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 6.220079
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 5.951062
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 5.731453
2020-10-09 17:00:00 7.002039 7.002039 5.489136
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 5.198123
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 4.913340
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 4.656011

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.361386 1.704145
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.697826
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.693925 1.905352
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.933555
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 2.046591
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.169095
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 2.174333

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 1.594116
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 1.510392
2020-10-10 17:00:00 2.671906 1.242072 1.446243
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.066296 1.381412
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.314209
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.257722
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.191425

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.180052
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 9.111555
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 9.036909
2020-10-09 17:00:00 9.777495 9.777495 8.908722
2020-10-08 17:00:00 9.593207 9.593207 8.674742
2020-10-07 17:00:00 8.858492 8.858492 8.478364
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 8.263985

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 4.465603
2020-10-11 17:00:00 8.283003 4.163072 4.393648
2020-10-10 17:00:00 6.981407 3.436019 4.361886
2020-10-09 17:00:00 5.456702 3.637802 4.214665
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 4.133339
2020-10-07 17:00:00 2.649643 4.165767 4.011264
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.868857

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 5.102628
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 4.943113
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 4.777022
2020-10-09 17:00:00 8.984615 4.061538 4.597600
2020-10-08 17:00:00 4.886717 2.776544 4.417765
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 4.230679
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 4.073076

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.945463 3.635184
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.569641
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.492324
2020-10-09 17:00:00 3.739492 3.739492 3.421275
2020-10-08 17:00:00 3.710978 3.710978 3.370384
2020-10-07 17:00:00 4.111482 4.111482 3.295810
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 3.234963

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 25.375171 11.094542 10.506233
2020-10-11 17:00:00 23.436551 10.686096 10.439103
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 10.192767
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 9.963559
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 9.696266
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 9.420648
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 9.154929

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 6.227445
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 5.926505
2020-10-10 17:00:00 7.999439 7.999439 5.604930
2020-10-09 17:00:00 6.003787 6.003787 5.255119
2020-10-08 17:00:00 5.494329 5.494329 4.850427
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 4.479677
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 4.141132

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 5.719501
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 5.586956
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 5.415261
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 5.214446
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 4.991815
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 4.795850
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 4.599874

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 1.450843
2020-10-11 17:00:00 5.944798 1.486200 1.517175
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 1.427585
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.335456 1.373581
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 1.293781
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 1.248607
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 1.169824

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 8.443740
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 8.242571
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 7.858366
2020-10-09 17:00:00 10.855683 10.855683 7.412103
2020-10-08 17:00:00 6.250000 6.250000 6.928469
2020-10-07 17:00:00 6.857855 6.857855 6.447673
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 5.975461

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.494624 8.526119
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.381325
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.455629
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.259236
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.189767
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.794896
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.502067

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 9.780957
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 9.451013
2020-10-10 17:00:00 9.834450 9.834450 9.298012
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 9.151838
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 8.804071
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 8.437745
2020-10-06 17:00:00 4.706524 7.636739 8.043322

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 8.143154 5.003187 6.406865
2020-10-11 17:00:00 11.355115 11.355115 6.452759
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 6.309946
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 6.110364
2020-10-08 17:00:00 8.044113 8.044113 5.929678
2020-10-07 17:00:00 6.138428 6.138428 5.692584
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 5.413654

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 7.560582
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 7.400620
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 7.051232
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.726006
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 6.473152
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 6.058669
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 5.817518

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 12.552654 7.177264 6.135049
2020-10-11 17:00:00 10.694995 10.694995 5.930794
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.739165
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 5.512586
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 5.305292
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 5.123998
2020-10-06 17:00:00 4.383440 4.383440 4.931788

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.206738
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 5.986798
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 5.768143
2020-10-09 17:00:00 6.617345 6.617345 5.559425
2020-10-08 17:00:00 5.556466 5.556466 5.312709
2020-10-07 17:00:00 4.575263 4.575263 5.048565
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 4.729021

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.509815
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.389872
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 7.143129
2020-10-09 17:00:00 9.698137 9.698137 6.979105
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 6.787879 6.732743
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.513147 6.483055
2020-10-06 17:00:00 3.974359 3.974359 6.090932

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 21.333333 12.000000 11.246119
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 10.974340
2020-10-10 17:00:00 28.205128 10.576923 10.469486
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 10.256904
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 9.595732
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 9.010505
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 8.603699

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 8.943348
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 8.528865
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 7.915160
2020-10-09 17:00:00 11.177907 11.177907 7.215902
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 6.707721
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 6.238378
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 5.798199

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.546384 8.546384 6.220079
Basilicata 8.461538 1.361386 1.704145
Calabria 4.315961 4.315961 1.594116
Campania 10.792305 10.792305 9.180052
Emilia-Romagna 8.318934 8.318934 4.465603
Friuli Venezia Giulia 5.694981 5.694981 5.102628
Lazio 3.105102 3.945463 3.635184
Liguria 25.375171 11.094542 10.506233
Lombardia 7.310924 7.310924 6.227445
Marche 7.889126 7.889126 5.719501
Molise 1.678657 1.678657 1.450843
P.A. Bolzano 8.823529 8.823529 8.443740
P.A. Trento 3.125000 8.494624 8.526119
Piemonte 9.997798 9.997798 9.780957
Puglia 8.143154 5.003187 6.406865
Sardegna 9.772727 9.772727 7.560582
Sicilia 12.552654 7.177264 6.135049
Toscana 7.470343 7.470343 6.206738
Umbria 6.687754 6.687754 7.509815
Valle d'Aosta 21.333333 12.000000 11.246119
Veneto 13.104275 13.104275 8.943348

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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